Kongres JKMA Aceh merupakan forum pengambilan keputusan tertinggi dari organisasi ini yang diselenggarakan setiap tiga tahun sekali. Peserta kongres adalah seluruh perwakilan anggota JKMA Aceh, organisasi regional, manajemen dan sekretaris eksekutif.

Dewan adat JKMA Aceh merupakan institusi yang berfungsi dan berperan sebagai pengelola, pengawas dan pengambil keputusan di dalam organisasi JKMA Aceh. Institusi ini terdiri atas perwakilan komunitas dari beberapa wilayah Aceh yang terdiri dari 15 orang. Dewan adat JKMA Aceh terdiri atas koordinator dan anggota dewan adat. Pertemuan dewan adat diadakan setiap dua tahun sekali.

Sekretaris pelaksana merupakan komponen JKMA Aceh yang berfungsi sebagai media komunikasi dan informasi bagi anggota JKMA Aceh serta memfasilitasi pengembangan program JKMA Aceh dan JKMA Wilayah.

Pada Kongres II JKMA Aceh 21-26 April 2007 di Blang Mee, Aceh Rayeuk, Yuriun terpilih kembali menjadi Koordinator Dewan Adat JKMA Aceh dan Budi Arianto sebagai Sekretaris Pelaksana.